O Programa de Pós-Graduação em Engenharia Elétrica da UNIFEI integra o Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia em Energia Elétrica – INERGE juntamente com UFJF, UFSJ, UFRJ e UFF. O INERGE, com sede em Juiz de Fora. O INERGE é o único instituto nacional de pesquisa da área de Engenharia Elétrica e tem por missão ser um centro internacional de excelência em pesquisa, desenvolvimento, tecnologia e inovação no setor de energia elétrica.

Além de acordos institucionais, existem também os acordos de colaboração de docentes em projetos conjuntos e coorientações com várias instituições, destacando-se ITA, INATEL, UNICAMP, USP, UFJF e
UFRJ.

Entretanto, a maioria das colaborações e trabalhos conjuntos de professores com outras instituições não demandam formalização de parceria.